Le microbiote et ses secrets

Il y a 2,4 milliards d’années, un changement biologique majeur s’opérait sur notre planète, engendrant un bouleversement climatique de grande ampleur, à l’origine d’une extinction de masse des espèces préexistantes : La photosynthèse.

La cause de ce phénomène : des bactéries spécifiques, les mal nommées cyanobactéries, ou « bactéries bleues » ou encore « algues bleues ». Ces êtres vivants avaient trouvé le moyen d’utiliser l’énergie solaire pour casser les molécules d’eau, en extraire de l’oxygène et utiliser le carbone contenu dans le CO₂ de l’air, afin de créer de la matière et de l’énergie chimique : Le sucre. Il résulte de ces réactions chimiques un déchet hautement corrosif pour tous les êtres vivants de l’époque : le dioxygène O₂

Aujourd’hui, il serait impossible et impensable de considérer l’oxygène de notre air comme un déchet, puisqu’il est une des sources indispensables de notre vie. Et pourtant, cette ère de l’oxygène n’a pas toujours existé. Elle est arrivée grâce aux bactéries !

En réalité, nous les humains, vivons entourés de bactéries. Elles sont dans l’air que nous respirons, sur les surfaces que nous touchons, sur les aliments que nous mangeons. Elles sont autour de nous, mais aussi en nous. C’est un équilibre entre ces êtres microscopiques et nos cellules, nos systèmes biologiques, qui permet le maintien de la vie dans de bonnes conditions. On parle alors d’eubiose. A l’inverse, la dysbiose est définie comme un état dans lequel hôte et bactéries ne sont pas dans une relation qui permette le maintien de l’homéostasie, cet état d’équilibre de référence d’un organisme vivant.

Ce terme « homéostasie », a été créé par Walter Cannon à partir des travaux de Claude Bernard, médecin et physiologiste français du milieu du 19è siècle, appelé aussi « le père de la médecine expérimentale ». Ce dernier, contemporain de Louis Pasteur, théorisa l’idée que le monde vivant est défini par une caractéristique commune : l’existence et le maintien d’un milieu intérieur, tout le contraire d’un « monde inerte » comme dans les roches, par exemple. Ainsi, maintenir son homéostasie, l’intégrité et l’équilibre de son milieu intérieur, constitue selon Claude Bernard, la finalité de tout organisme vivant.

C’est pourquoi on ne peut appréhender la notion de dysbiose, de déséquilibre microbien en général, ou bactérien en particulier, qu’en s’intéressant avant tout, au fonctionnement harmonieux des bactéries avec notre milieu intérieur.

Cette vaste population qui peuple notre corps

En effet, avant la naissance, le fœtus, bien protégé dans son sac vitellin au creux de l’abdomen de sa mère, est considéré comme vivant dans un milieu stérile ou presque, selon certains auteurs. C’est à l’accouchement, quand il progresse vers le monde extérieur, qu’il entre en contact avec ce monde foisonnant de bactéries via sa peau, mais surtout via sa bouche. Ce nouveau-né vit alors une « invasion » bactérienne qui colonise peu à peu son système digestif immature. Cette première colonisation est d’ailleurs déterminante dans la vie d’un individu. Se mettent alors en place d’innombrables mécanismes biologiques, d’interactions entre les bactéries et les cellules du corps, en particulier au niveau intestinal. Des informations et des substances sont échangées ; une compétition se met en place entre bactéries, guidée par des mécanismes de défense de l’organisme, pour privilégier les microbes les plus compatibles avec le fonctionnement et les besoins du système immunitaire. C’est aussi l’occasion pour celui-ci d’apprendre comment vivre avec son milieu extérieur foisonnant, et rempli d’opportunités autant que de dangers.

Cet univers riche en bactéries (mais aussi en virus, levures et champignons microscopiques) est appelé microbiote. Nous en avons tous un, spécifique et unique, qu’on ne retrouve chez personne d’autre. Il est en quelque sorte, notre carte d’identité biologique. Même si des variations peuvent être observées au cours de la vie d’une personne, en fonction de son âge ou de ses habitudes alimentaires, la répartition des grandes espèces de bactéries de son microbiote, en particulier intestinal, est relativement stable. En revanche, elle est très variable d’un individu à l’autre, même si des tendances globales se dessinent en fonction des ethnies et/ou de la localisation géographique des populations.

Au niveau digestif, la bouche est un environnement très riche en bactéries car c’est la première porte d’entrée vers l’intérieur du corps. Cette concentration diminue drastiquement dans l’estomac, dont un des rôles est d’éviter l’invasion de pathogènes. A mesure que l’on progresse dans le tube digestif, la densité et la diversité microbienne augmente, pour atteindre son maximum dans le colon. Celui-ci est donc un milieu hautement septique.

Ce microbiote joue alors 3 grands rôles, en particulier au niveau intestinal :

• Protecteur, grâce à son effet barrière vis-à-vis des pathogènes.
• Métabolique, en agissant sur l’équilibre en nutriments et autres substances.
• Immunitaire, en coopération et communication permanente avec nos cellules.

Quand nous sommes en santé, cet ensemble microbien forme des communautés bactériennes complexes, qui sont en symbiose entre elles et avec notre organisme. Nous pouvons définir cette symbiose comme étant toutes formes de mutualisme permettant à deux formes de vie différentes de collaborer pour améliorer leur existence.

Les 5 facteurs de dysbiose

L’altération du microbiote intestinal est majoritairement due à la perte des facteurs de protection et de prévention de la colonisation par des bactéries pathogènes.

1. En premier lieu, les conditions de la naissance jouent un rôle primordial. La colonisation du tube digestif du nouveau-né par les bactéries vaginales et épidermiques de sa mère, associée au lait maternel riche en prébiotiques pour favoriser le développement de cette flore, influence le profil bactérien pour toute la vie. A l’inverse, les césariennes, la prématurité (et donc l’immaturité intestinale) ou encore l’absence d’allaitement maternel, influence un autre type de profil microbien, avec davantage de risques de dysbioses et de dysfonctionnements intestinaux.
2. L’alimentation est un facteur déterminant d’eubiose ou de dysbiose. La teneur en fibres (prébiotiques), en nutriments (glucides, lipides, protéines, vitamines, minéraux,…), en polluants, en toxiques, en médicaments, la digestibilité des aliments,… sont autant de facteurs qui vont influencer la flore intestinale microbienne vers une richesse ou une carence en biodiversité, et donc vers l’altération de la résilience de cette flore.
3. Les sources de polluants sont multiples et ils participent à l’altération du microbiote. Il peut s’agir de métaux lourds, de pesticides, ou encore de perturbateurs endocriniens. Ces derniers peuvent avoir une action locale, directement sur le microbiote, ou indirectement en agissant sur les fonctions de l’organisme, et donc sur sa faculté à communiquer avec cette flore.
4. Le stress est aussi un facteur important à considérer. En effet, les mécanismes sont complexes, mais un stress chronique qui dépasse ses objectifs biologiques (c’est-à-dire fuir ou combattre) provoque une perturbation dans l’équilibre interne de l’organisme, dans son homéostasie. Plusieurs fonctions peuvent être affectées et avoir un impact sur notre flore intestinale ou autres. Il peut s’agir de la production de nos sécrétions, de l’efficacité de notre immunité, de la performance de notre métabolisme concernant la production de notre énergie ou dans l’utilisation de nos nutriments,… Cet état de déséquilibre peut ainsi être un terrain potentiellement propice à l’installation d’un déséquilibre microbien aigu et/ou chronique.
5. La prise d’antibiotiques est aussi un facteur aggravant de dysbiose. De plus en plus de travaux scientifiques tendent à montrer que les antibiotiques jouent un rôle majeur dans la perturbation écologique de nos intestins. La performance de ces produits médicamenteux est telle que des prises répétées et inconsidérées ont la faculté de détruire indistinctement un certain nombre de nos bactéries protectrices, et ainsi favoriser au long cours l’installation de flores pathogènes de plus en plus résistantes à ces antibiotiques. Afin de maintenir à la fois nos équilibres intérieurs et la performance de ces médicaments contre des infections, leur prise doit être réfléchie avec mesure et discernement.

Comment retrouver un microbiote harmonieux ?

Il existe plusieurs stratégies pour tenter de corriger les déséquilibres du microbiote. La dysbiose étant un trouble dont les causes sont multifactorielles, les actions peuvent de focaliser sur un ou plusieurs éléments, à savoir :

• Le nettoyage du tube digestif.
• Le drainage des organes de détoxification (les émonctoires).
• Le ré-ensemencement de la flore microbienne digestive.
• Des pratiques hygieno-diététiques.

Dans certains cas, des thérapeutiques plus avancées pourront être envisagées sous contrôle médical, comme des actions ciblées sur certaines bactéries, ou encore la transplantation fécale.

Protéger le microbiote avec de l’argile

Le nettoyage du tube digestif permet d’éliminer des micro-organismes indésirables et incompatibles avec la santé du corps, soit du fait de leur nature, soit par leur surnombre. Il existe pour cela un produit naturel très intéressant qui est l’argile verte (illite). L’argile est un minéral issu de la dégradation de roches primitives appelées feldspaths, possédant une grande affinité pour l’eau, et de consistance souple lorsqu’elle est humide.

L’argile verte est antiseptique et hémostatique (arrêt des saignements), grâce à ses propriétés d’absorption (collecte les liquides de façon passive) et d’adsorption (capacité à retenir les bactéries, toxines,…). Ayant besoin d’être hydratée pour être efficace, il est nécessaire de mélanger une cuillère à café (non métallique) dans un verre d’eau, puis de laisser décanter pendant au moins 4 heures.

Ainsi, durant une cure de 3 semaines, on peut boire le surnageant (la partie de l’eau au-dessus de l’argile décanté) tous les matins, pour des troubles chroniques de selles molles, ou des maladies inflammatoires chroniques de l’intestin (MICI).

Pour des épisodes de diarrhées aigus (voyage et changement d’alimentation, turista), on pourra boire le lait d’argile en mélangeant le surnageant et l’argile décanté au fond du verre. Pa plus de 2 fois par jour durant le temps de la crise.

Il est conseillé de prendre l’argile à 2 heures de distance des médicaments. De plus, il conviendra d’éviter ce produit en cas de constipation, et d’éviter l’absorption concomitante d’huile, qui pourrait conduire à un risque d’obstruction digestive.

Des plantes pour évacuer les déchets toxiques

Le drainage des émonctoires est un principe connu depuis l’Antiquité, en Europe et en Chine ancienne. Hippocrate reconnu comme étant le père de la médecine occidentale, l’enseignait et le pratiquait déjà au 5è siècle avant J.C.

Le corps possède plusieurs organes et systèmes pour évacuer ses toxines et déchets. Les plus connus sont les reins avec l’urine, et le foie avec la bile. Les poumons et la peau sont aussi des émonctoires importants. De nombreuses plantes d’Europe peuvent agir sur ces systèmes.

• Les parties aériennes fleuries de Fumeterre (fumaria officinalis) agissent comme stimulants de la vésicule biliaire et se trouve assez facilement en pharmacie sous différentes formes galéniques.
• La Bardane (Arctium Lappa) est bien connue pour soutenir le drainage de la peau, les feuilles d’artichaut (Cynara scolymus), le Chardon Marie (Carduus marianus) ou encore le radis noir (Raphanus niger) sont traditionnellement utilisés en cure détox, au changement de saison, du fait de leurs actions hépatiques.
• L’aubier de Tilleul sauvage (Tilia sylvestris) peut être utilisé en drainage doux, sur plusieurs semaines.
• Quant au Bouleau (Betula pubescens), ou aux racines ou feuilles d’ortie (Urtica urens), on pourra les utiliser pour leur action diurétique.

Certaines plantes auront également des actions locales supplémentaires au niveau des intestins, pour aider à rééquilibrer la flore microbienne grâce à la remise en fonction des sécrétions digestives, qui faciliteront la digestion des aliments et donc, le travail microbien en aval.

Nourrissez bien votre microbiote !

Une autre stratégie de traitement de la dysbiose, complémentaire des deux précédentes, est le ré-ensemencement par des probiotiques et/ou des prébiotiques.

Le terme « probiotique » est réservé aux micro-organismes (bactéries, levures) ingérés vivants, ayant une capacité démontrée de produire des effets bénéfiques pour la santé de l’hôte. La finalité est donc de restaurer un microbiote équilibré. Il peut s’agir d’aliments, de produits lacto-fermentés, ou encore de compléments alimentaires.

Les produits lacto-fermentés sont particulièrement intéressants. En effet, dans 1 gramme de légumes lacto-fermentés, on peut trouver 1 milliard de bactéries !

Concernant les prébiotiques, ce sont des ingrédients alimentaires non digestibles, qui stimulent de manière sélective au niveau du colon, la multiplication ou l’activité d’un nombre limité de groupes bactériens susceptibles d’améliorer la physiologie de l’hôte. Il s’agit donc de la nourriture du microbiote, avec des fibres non digestibles par l’homme (inuline dans les topinambours, par exemple), des chaines de sucres complexes (polysaccharides), des pectines (dans les pommes), des mucilages (dans les graines),…

Le meilleur ami de la dysbiose : le stress !

L’impact de nos modes de vie est également un facteur majeur à prendre en considération, car les multiples stress fréquents et répétés de la vie moderne sont reconnus comme causes et/ou cofacteurs de dysbiose. Toutes les techniques visant à prendre en charge et atténuer le stress auront inévitablement des actions bénéfiques.

Parmi ces techniques, on peut parler de celles qui visent à libérer le diaphragme pour une meilleure respiration et une meilleure digestion. La méditation, la cohérence cardiaque, les massages, l’activité physique, auront aussi des impacts sur l’équilibre hormonal, physique et émotionnel.

De nombreuses plantes peuvent aider également en ce sens : la lavande (Lavandula officinalis), la camomille noble (Anthemis nobilis), ou encore la mélisse (Melissa officinalis), sous différentes formes. Les infusions ont l’avantage d’être facile à préparer, peu coûteuses et permettent une bonne hydratation.

Boire, surtout en dehors des repas pour éviter la dilution des sucs gastriques, est indispensable pour permettre une bonne digestion et favoriser l’eubiose.

Pour conclure, œuvrer à maintenir un équilibre physiologique ou restaurer un équilibre perdu, est un acte conscient qui nécessite de faire appel à de nombreuses approches naturelles et de nombreux outils. Le microbiote est un organe à part entière et, à ce titre, nécessite la même attention que n’importe quelle autre partie de soi, avec bienveillance et régularité.